南部科學園區係過去配合行政院「振興經濟方案」而推動設置，以提供高科技產業發展之用地。目前南部科學園區依地理位置共分為兩處園區統籌管理：

臺南園區 總開發面積約1038公頃(一期為638公頃，二期為400公頃)，引進產業類型主要分半導體、精密機械、光電、電腦及周邊設備、通訊及生技六大產業，以引進注重研發為主的產品及技術為首要原則，希望研發人力及經費佔相當比例，以維持事業可永續經營，以國內沒有的技術及技術優於現有者，為優先進駐園區對象。位於臺南市善化區、安定區與新市區交界處，原始土地為臺糖公司道爺與善化農場，園區東側及北側有零星之養殖魚塭，其鄰近區域土地使用狀況為蔗園及水田。

高雄園區 之前身為臺灣糖業股份有限公司(臺糖公司)依促進產業升級條例規劃為「高雄縣路竹智慧型工業園區」，政府相關機關考量南部地區科學工業用地不足，經與臺糖公司協商後，將此地再度變更為「路竹科學工業園區」，後於93年由高縣政府極力爭取更名，現更名為「高雄園區」。位於高雄市路竹區、岡山區與永安區之交界處，用地範圍原屬臺糖公司之路竹農場與本洲農場之部份土地。兩園區相隔大約26公里，由臺一省道以及一號高速公路可連結兩處園區。