「南部科學園區屏東園區開發計畫」於112年2月通過環境影響評估審查，本局為掌握施工及營運期間對環境之影響，以適時分析污染來源並提出改善減輕措施，遂針對施工及營運期間於園區周邊辦理環境監測計畫，並落實執行各項環境保護對策，以積極維護公眾的健康及生活品質，並通過對環境背景資料的收集與分析，建立長期性的環境監測系統及資料庫。

「南部科學園區屏東園區開發計畫」之環境監測計畫係於基地內及周圍敏感點辦理空氣品質、環境噪音振動、地下水質、營建噪音、土壤、河川水質、工區放流水質及交通流量等定期監測。