臺南園區 位於鹽水溪中游流域，園區及附近地區主要排水系統包括大洲排水路、新市排水路及鹽水溪排水系統（安順寮排水線、看西排水線），其中大洲排水路及新市排水路於園區西南側匯入鹽水溪；而園區西側之安順寮排水線與看西排水線則匯流於鹽水溪排水系統。因此，臺南園區主要分屬於大洲排水路、安順寮排水線及鹽水溪排水路上游支流之集水區。大致上臺南園區北部為嘉南大圳善化支線，東面有嘉南大圳南幹支線，西面有曾文溪集水區、安順寮排水路、看西排水路，南面則有大洲排水路所環繞。

高雄園區 地勢平坦，整體地形北面較南面高，排水現況可分為東、西二區，西區之地表逕流經竹子港排水與下頭埤排水收集後，排至興達港內；東區之地表逕流則經北嶺墘支線與草溝支線收集後導排至土庫排水（潭底洋排水）。在規劃開發排水系統亦是以不改變原排水分區為原則，並配合整地高程採重力式排水方式，基地周圍設置截流溝（混凝土鋪面）以收集區外排水，再依原排水分區引導至區外下游水路；基地內排水系統則配合原排水分區及基地整地高程設置排水幹、支線，並配合既有下游水路位置及排水容量於基地內設置三座滯洪池以調節區內因開發後增加之逕流量（東側滯洪池經草溝支線排入土庫排水；西側兩座滯洪池則排入竹子港排水）。