各地下水監測井每月至少人工量測水位1次，其中臺南園區減振牆附近之MW-10、MW-29、MW-30、MW-31、MW-33、MW-34、MW-35、MW-36等8口監測井提高監測頻率至每週人工量測水位1次。
篩選園區適當監測井點與減振牆附近監測井等至少10口，進行長期自記水位紀錄監測。
長期地下水位監測結果，大致而言，南科園區地下水位主要受到降雨、周邊農漁業活動等影響，沒有異常現象：
南科園區地下水豐、枯水期分界明顯。
南科園區地下水位變化趨勢與降雨量有密切關係，降雨對園區水位變化的影響期間大約在半個月至一個月左右。
局部地區水位受廠商施工點井與邊界外農漁業活動之影響。
目前水位監測結果正常，沒有異常情況。
大區域而論臺南園區地下水主要流向是以東北向西南流動，各局部區域地勢、地形或人為因素等造成流向有稍微變異，整體而言水流向由東側向西側流為主。
大區域而論，高雄園區地下水主要流向是向西南流動，但因園區周邊養殖漁業環伺且西面靠海等緣故，各局部區域因地勢、地形、河川或人為因素等造成流向有所變異，致使園區東側部份有向東南流趨勢；其他區域則大致是由北向南為主。
